Wonder gaat over de tienjarige Auggie Pullman, een doodnormale jongen met een mismaakt gezicht. Om hem te beschermen, krijgt hij al z'n hele leven thuis les, maar nu is het moment aangebroken dat Auggie naar een normale school gaat.
Hij moet de moed verzamelen om de andere kinderen ervan te overtuigen dat hij ondanks zijn uiterlijk net zo is als zij. Het thema gaat over anders zijn, gepest worden en de weg naar acceptatie. Alle leden van een familie worden hierin betrokken.